O método educacional adotado nas escolas municipais de Sinop colocou o município entre os dez melhores do país, de acordo com uma avaliação do Ministério da Educação (MEC), avaliando o tamanho do município, o número de alunos atendidos e a qualidade do ensino. Entre os itens avaliados estão os índices de evasão escolar e repetência. Em Sinop, o índice de evasão escola em 2005, de 1ª a 4ª séries, foi reduzido e ficou em 0,3%. Já de 5ª a 8ª séries foi de 4%.
Os índices de repetência também foram considerados baixos. De 1ª a 4ª séries, 6,4% dos alunos foram reprovados. Entre as 5ª e 8ª séries chegou a 8%. Outros quesitos avaliados pelo MEC são os resultados da alfabetização das crianças na primeira série, número de professores com curso superior. Sinop se destacou ainda na área de transporte escolar, capacitação de professores e equipe administrativa.
O prefeito Nilson Leitão considerou o resultado satisfatório mas diz que o desafio e melhorar a qualidade ainda mais. Atualmente, Sinop possui 17 escolas municipais e 17 extensões, em prédios alugados, para atender a demanda de novos alunos. Este ano 14.750 alunos estão matriculados na rede, desses, 8.959 estudam entre a 1ª e 4ª séries, e 3.249 da 5ª a 8ª séries. Outros 1.451 são da educação infantil e 776 da alfabetização de jovens e adultos.
Um dos problemas que o município ainda enfrenta é a falta de salas de aulas para comportar o crescente número de alunos, que aumenta, em média, 10% ao ano. Para atender essa demanda, a prefeitura aluga salas para que todas as crianças possam ser atendidas. Este ano pelo menos 20 salas foram alugadas. A projeção é em construir uma nova escola no próximo ano, no bairro Jardim Lisboa.