Dos 30 partidos políticos em atividade em Mato Grosso, apenas nove apresentaram à Justiça Eleitoral, no prazo estipulado, a prestação de contas parcial das campanhas eleitorais. São eles: DEM, PMDB, PP, PRB, PSB (zerada), PSD, PSDB, PT e PTB. A irregularidade pode ocasionar a reprovação das suas contas por omissão de informações de arrecadação e gastos de campanha, além de prejudicar a transparência do processo eleitoral.
A prestação de contas parcial deve ser feita exclusivamente pela internet, por meio do Sistema de Prestação de Contas Eleitorais (SPCE 2016), entre os dias 9 e 13 de setembro. A Resolução nº 23.463/2015 do Tribunal Superior Eleitoral, estabelece que todos os partidos políticos e candidatos são obrigados a prestar contas dos gastos com campanhas eleitorais, ainda que estes gastos sejam zerados.
Todos os candidatos e partidos políticos devem realizar a prestação de contas finais. Para os que concorrerem somente no 1º turno, o prazo de entrega à Justiça Eleitoral é 1º de novembro deste ano. Havendo segundo turno, os candidatos e partidos que dele participarem, devem prestar contas até 19 de novembro, ocasião em que prestarão contas dos dois turnos.