A Lei nº 10.772, de 21 de novembro de 2003, criou para Mato Grosso mais quatro Varas Federais, uma 1 na Capital, uma na cidade de Cáceres; uma na cidade de Rondonópolis e uma em Sinop.
A Resolução 600-018, de 16 de dezembro de 2003, do Tribunal Regional Federal da 1ª Região, autorizou a instalação da 6ª Vara Federal em Mato Grosso para abrigar o Juizado Especial Federal, dando, assim, uma estrutura operacional melhor aos trabalhos desenvolvidos no Juizado.
Dessa forma, foi instalada oficialmente, em Cuiabá, no dia 01 de março de 2004, a 6ª Vara Federal de Mato Grosso. A Justiça Federal, até agosto de 2005 tinha sede apenas em Cuiabá.
No dia 8 de agosto, foi instalada a primeira Vara Federal no interior do Estado, na cidade de Cáceres. Com 6 meses de atividade na Subseção Judiciária de Cáceres está tramitando aproximadamente 1.700 (mil e setecentos) Processos, com 01 (um) Juiz Federal e 23 Servidores.
Na Capital, com 6 Varas Federais, conta atualmente com 8 (oito) Juízes Federais atuando em aproximadamente 65.000 (sessenta e cinco mil) processos. Cada Vara Federal é composta com 23 Servidores.
No próximo dia 14 de fevereiro, às 16:30 horas, será instalada a segunda Vara Federal no interior do Estado, na cidade de Rondonópolis, com a presença do desembargador Federal Aloisio Palmeira de Lima, presidente do Tribunal Regional Federal da 1ª Região, Juiz Federal Julier Sebastião da Silva, diretor do Foro Federal de Mato Grosso, desembargador Federal Ítalo Fioravanti Sabo Mendes, do Tribunal Regional Federal da 1ª Região, juízes federais entre outras autoridades.
O Diretor do Foro Federal de Mato Grosso, Juiz Federal Julier Sebastião da Silva, pretende instalar, ainda neste ano, a Vara Federal de Sinop, levando dessa forma a Justiça Federal para o interior do Estado, de forma a atender uma demanda cada vez maior, conforme se constata nos Juizados Especiais Federais Itinerantes ocorridos nas cidades de Mirassol D’ Oeste, Diamantino, Rondonópolis e Sinop.
Após a instalação, é suspenso o expediente externo para que a Subseção receba os processos que são de competência da Justiça Federal e que tramitam na Justiça Estadual.
À Justiça Federal compete processar e julgar todos os feitos em que a União, autarquias, empresas públicas e fundações públicas federais sejam autoras, rés ou intervenientes, bem assim os processos criminais quando se tratar de delito que lesione bem jurídico federal, ou quando se tratar de crimes que o Brasil, por convenção internacional, obrigou-se a coibir.