O juiz federal de Sinop, Murilo Mendes, enviou as perguntas para o depoimentos dos pilotos americanos há 4 meses e até agora Jan Paul Paladino e Joseph Lepore não foram ouvidos pela Justiça americana. O depoimento dos pilotos estava marcado para agosto de 2007 no Brasil, mas eles não compareceram e solicitaram ao juiz que o depoimento fosse nos Estados Unidos.
Em março de 2008, o juiz concordou com o requerimento e enviou os questionamentos para Justiça americana. O magistrado elaborou 53 perguntas que foram enviadas por meio de carta rogatória (de um país para outro), mas até ontem não obteve resposta.
O processo contra os controladores de vôo que operavam a torre de controle em Brasília no dia 29 de setembro de 2006, quando o acidente aconteceu, também continua tramitando em Sinop. Eles são acusados de atentado contra a segurança de transporte aéreo e Jomarcelo responde por homicídio culposo.
O inquérito Policial Militar, que investigou e indiciou os controladores por displicência e falta de diligência, é explícito ao constatar que os pilotos serviam de ponte de contato e apoio, mas, sob vigilância radar. Conforme o inquérito a responsabilidade de navegação é do piloto em comando da aeronave.
Oficiais da Força Aérea Brasileira (FAB) listaram alguns pontos da conduta omissa de Lepore e Paladino. O relatório dizia que os controladores foram contribuinte para o acidente, mas o fator determinante da tragédia foram os dois pilotos norte-americanos, acusados de desligar o transponder, aparelho anticolisão na hora do acidentes.
Paladino e Lepore disseram no depoimento concedido a agentes do Ministério da Defesa que não desligaram o equipamento e o acidente foi resultado da falha da transponder.