O Grêmio começou avassalador. O time tricolor iniciou o jogo abafando o Atlético. Logo aos dois minutos, no primeiro ataque gremista no jogo, Roger foi derrubado dentro da área. O árbitro Guilherme Cereta marcou pênalti. No minuto seguinte, Roger cobrou com o pé esquerdo, no canto, sem chances para o goleiro Márcio, fazendo 1 a 0 para o Grêmio.
Como o resultado parcial classificava o time gaúcho, o Atlético Goianiense partiu para o ataque. Com a liderança do habilidoso e experiente Anaílson, o Atlético passou a ter a posse de bola e começou a levar perigo à defesa gremista. Aos 20 minutos, Anaílson foi derrubado na entrada da área. O goleiro Márcio, fã assumido de Rogério Ceni, cobrou a falta com perfeição, no ângulo, sem chances para Marcelo Grohe, empatando o jogo.
Dois minutos após o empate, o Grêmio teve uma boa chance. Tadeu recebeu na entrada da área, girou e bateu forte, mas Márcio fez uma grande defesa. Depois disso, o Grêmio não encontrou mais espaços e não teve mais criatividade para levar perigo ao gol atleticano. O time goiano passou a tocar a bola lateralmente, diminuindo a velocidade do jogo. Um contra-ataque perigoso do time goiano surgiu aos 43 minutos, quando Lindomar cruzou da esquerda e Gílson chutou, mas mas Pereira apareceu para salvar, em cima da linha.
O segundo tempo começou novamente com o Grêmio no ataque. O time da casa tomava a iniciativa, mas chegava pouco com perigo ao gol goaino. Aos 9, William Magrão recebeu na entrada da área, mas conclui para fora. Aos 16, o Grêmio conseguiu marcar o seu segundo gol. Hidalgo chuta cruzado, a bola bate na defesa e volta para o peruano chutas novamente. Desta vez, William Magrão desvia dentro da área e faz o gol gremista, 2 a 1 para o tricolor. No minuto seguinte ao gol, Perea chuta forte e Márcio faz grande defesa, evitando mais um gol do tricolor gaúcho.
O Atlético passa a tocar a bola e a tentar segurar o jogo, mas não deixa de buscar o ataque em jogadas de muita velocidade. Aos 33 minutos, Lindomar faz boa jogada e cruza para Adriano Magrão. O centroavante atleticano cabeceou, a bola bateu no travessão, picou na grama e voltou para os braços do goleiro Márcio. Também de cabeça, aos 35, Tadeu exigiu Márcio a uma grande defesa, espalmando a bola para escanteio.
Nos últimos dez minutos, os times não arriscaram muito. O Grêmio ainda teve duas chances, uma com Perea aos 38 e outra com o volante Junior, que chutou fraco aos 45. O Atlético segurou o jogou, valorizou o tempo e a posse da bola e conseguiu levar a decisão da vaga para os pênaltis.
A decisão da vaga para a terceira fase da Copa do Brasil foi decidida na cobranças de pênaltis. Para o Grêmio cobraram Roger, Tadeu, Paulo Sérgio, Eduardo Costa e Perea. As cobranças do Atlético Goianiense foram feitas por Lindomar, Ari, Róbston, Márcio e Julinho. Roger começou chutando e fez 1 a 0 para o Grêmio nos pênaltis.
O primeiro do Atlético foi cobrado pelo experiente Lindomar que fez o primeiro gol do time goiano nos pênaltis. Na segunda cobrança tricolor, o centroavante Tadeu errou. O Atlético passou a frente com a cobrança de Ari. O terceiro pênalti cobrado pelo Grêmio foi convertido por Paulo Sérgio. Julinho fez 3 a 2 para o Dragão. Eduardo fez o terceiro do Grêmio. O goleiro Márcio converteu o quarto pênalti cobrado pelo time goiano. Perea chutou o quinto pênalti do Grêmio e errou, com uma grande defesa de Márcio, o herói da classificação atleticana. O Atlético Goianiense venceu por 4 a 3 nos pênaltis.