O Cuiabá Esporte Clube completa 13 anos de existência. No dia 12 de dezembro de 2001, a equipe foi fundada pelo ex-jogador Luís Carlos Tóffoli, o “Gaúcho”, que teve passagem pelo Flamengo. No início, iniciou as atividades com times de base que teve uma boa evolução nos dois primeiros anos. Em 2003 se tornou uma equipe profissional no cenário mato-grossense.
Naquele ano fez sua estreia no Campeonato Mato-grossense e ficou com o título. No ano seguinte (2004) levantou o troféu novamente. O Cuiabá apareceu no cenário nacional e disputou o Campeonato Brasileiro da Série C nestes dois anos. Gaúcho ficou no comando do clube até 2006 e desistiu do projeto criado por ele.
Em 2009, os direitos do Cuiabá foram adquiridos pelos irmãos Aron e Cristiano Dresch. Daí por diante, a equipe que novamente iniciou de baixo, construiu uma bela estrutura e voltou à elite do futebol regional. Com novos títulos, da Copa Mato Grosso de 2010 e Estadual de 2011, o clube voltou às competições nacionais, onde continua a quatro anos consecutivos (na Série C).
Com a nova gestão, o clube conquistou três títulos estaduais, se tornou pentacampeão em nove participações na história, um título da Copa Mato Grosso. O time se tornou umas das maiores potências do futebol do Centro-Oeste, atualmente em 56º do ranking nacional de clubes.
O clube possui comissão técnica completa, sede com campo oficial, academia, fisioterapia, médico especializado, quartos completos, refeitório e vestiário.
Atualmente, a diretoria monta o grupo para a próxima temporada. Dezenove jogadores, entre contratações e renovações, já estão confirmados. O Cuiabá disputará o Campeonato Estadual, a Copa Verde, Copa do Brasil e a Série C.