Nem todas as escolas particulares de Sinop retomaram as aulas presenciais para todas as turmas e está sendo de forma gradativa. A suspensão começou no início da pandemia, em 16 de março e, desde o último dia 4, a prefeitura facultou retorno das atividades mas com alunos e professores seguindo regras de prevenção. Mas nem todas retomaram. 
No Regina Pacis a previsão é das aulas reiniciarem na próxima 2ª feira para turmas da educação infantil, 1º, 2º e 3º anos. No dia 20, para os estudantes do 3º ao 5º. Já no dia 25, alunos do 6º ao 3º anos do ensino médio voltam para as salas de aulas. A escola atende cerca de 1,5 mil estudantes.
No Marista Santo Antônio, o retorno da educação infantil e anos iniciais ocorreu no último dia 4, outras turmas voltaram em 11 de maio e as do ensino médio serão a partir do dia 18. A assessoria informou que estão sendo seguidos “protocolos bem robustos de segurança”. Este é o primeiro ano de atuação do colégio em Sinop, que conta com cerca de 200 alunos.
No CAD, que tem cerca de 800 alunos, da educação infantil ao pré-vestibular, as aulas foram retomadas no último dia 11 para a educação infantil (mini, maternal, nível 1 e nível 2) e 1º anos do ensino fundamental. Na próxima segunda-feira reiniciam para alunos do 2º anos ao 9º anos do ensino fundamental e médio.
No Alternativo a volta as aulas foi a partir do dia 6 para alunos da educação infantil (maternal, 1° período e 2° período). Já no dia 11 para os que cursam do 1° ao 5° anos. A partir da próxima segunda, a previsão é que retomem os alunos 6° ao 9° anos e somente no dia 25 os estudantes do ensino médio. A unidade atende cerca de 750 pessoas.
Mesmo com a permissão da prefeitura para o funcionamento através do decreto, todas as instituições particulares precisaram elaborar e homologar na secretaria de Educação e Ministério Público um plano de contingência com cronogramas e descrição das medidas adotadas de prevenção e proteção nos ambientes institucionais.
A rede particular de Sinop tem cerca de 7 mil estudantes.
Na rede municipal, a prefeitura elaborou calendário para reiniciar as aulas gradativamente. Na segunda-feira (18), devem voltar o pré fase I e II, turmas de 1º Ano do fundamental e no dia 20 para quem estuda do 2º e 3º anos. No dia 25, crianças da creche III e IV e no fundamental os que estão no 4º ano. No dia 27, voltam as turmas do 5º e 6º anos. Em 1º de junho é previsto retorno das turmas de creche I e II e dia 8 as do atendimento educacional especializado e alunos especiais.