Os 141 municípios matogrossenses estão aptos a cultivar o algodão, conforme o zoneamento agrícola aprovado pelo Ministério da Agricultura, que identificou as áreas e os períodos de semeadura com o menor risco climático, estipulado de 1ª a 31 de dezembro. De todos os municípios, pelo menos 31 estão proibidos de cultivar sementes ou caroços de algodoeiro herbáceo com traços de modificação genética: Alta Floresta, Apiacás, Aripuanã, Barão de Melgaço, Cáceres, Carlinda, Colíder, Confresa, Cotriguaçu, Guarantã do Norte, Itiquira, Juruema, Matupá e Nossa Senhora do Livramento.
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